Удерживать НДФЛ нужно только с тех доходов сотрудников - нерезидентов, которые они получают от источников в РФ. Для этого - загляните в трудовые договоры работников.
В трудовом договоре должны быть четко указаны фактическое место работы сотрудника и условия труда на нем. От этого и зависит определение источника дохода.
Если сотрудник фактически находится и работает за границей, пусть и на российского работодателя, его зарплата — доход от источников за пределами РФ. При условии, что его работа не является дистанционной. Например, когда сотрудник трудится на иностранное представительство российской компании и посещает его офис. Удерживать НДФЛ в таком случае не нужно, сотрудник должен оплатить его самостоятельно.
А вот если в трудовом договоре с российской компанией предусмотрен дистанционный вид работы, то где бы ни находился и куда бы ни переезжал сотрудник, источником его дохода в 2024 году будет РФ. Даже если такой сотрудник больше времени проводит за границей и по итогам года теряет статус резидента РФ, налог все равно удерживает его российский работодатель по ставкам 13% или 15%.
Источники: письма Минфина от 25.12.2023 № 03-04-05/125820, от 17.11.2023 № 03-04-05/110282, гл. 49.1 ТК